Попечительский совет осуществляет надзор за соблюдением Институтом уставных целей и законодательства Российской Федерации.

Первый после принятия устава в новой редакции (2010 г.) состав Попечительского совета сформирован Ученым советом Института.

В него входят Г.О. Греф, А.Л. Кудрин и А.Б. Чубайс; председателем является А.Л. Кудрин.

В дальнейшем решение о включении в состав Попечительского совета новых членов принимается Попечительским советом,  при этом выдвижение кандидатур может инициироваться как самим Попечительским советом, так и Ученым советом.

Полномочия Попечительского совета сроком не ограничиваются.

Попечительский совет собирается на свои заседания по мере необходимости, но не реже одного раза в квартал.

В компетенцию Попечительского совета входит:

• осуществление надзора за деятельностью Института;

• рассмотрение проекта плана НИР Института на очередной год;

• согласование для утверждения Ученым советом годового отчета о деятельности Института;

• разработка и внесение предложений по совершенствованию деятельности Института;

• привлечение дополнительных источников финансирования развития Института.

Попечительский совет вправе требовать созыва внеочередного заседания Ученого совета или Совета директоров, а также приглашать должностных лиц Института на свои заседания для доклада по вопросам деятельности Института.